Las pinturas rupestres de la Fenellassa, que datan del 3.500 a.C., son la constancia de la antigüedad de los pobladores de la zona. De la edad de Bronce tardía hasta la época ibérica, también se han encontrado yacimientos en Beceite, lo que significa que ya por esa época existía un asentamiento humano semiestable en la localidad.

De época romana todavía se conservan a ambos lados de la población dos tramos de la calzada romana que unía las localidades de Dertosa (Tortosa) y Caesaraugusta (Zaragoza).

El origen del término Beceite es árabe, pues proviene de la etimología árabe Beit Zeid (Casa del Zeid).

A estos les fue reconquistado por las tropas del rey aragonés Alfonso II, hijo de Ramón Berenguer IV, conde de Barcelona y de Petronila de Aragón, quien repobló las tierras con gente de los condados catalanes en el siglo XII, y este lo cedió, junto con otros territorios de la peña de Aznar Lagaya, Valderrobres, Fuentespalda, Torre del Compte, Mazaleón y Mezquín, al obispado de Zaragoza. La villa junto con el resto de territorios fue subinfeudada a importantes familias aragonesas como los Oteiza o los Robert.

Ya en el Medievo la población era conocida por sus limpias aguas y su especial ubicación, por lo que Alfonso V concedió a la villa el título de “Villa y Corte de descanso real”.

Entrado el siglo XVIII, Beceite obtendrá una especial relevancia en cuanto a su estratégica posición y sufrirá los avatares de las diferentes guerras que asolaron el país durante casi doscientos años:

Durante la Guerra de Sucesión española la villa abrazó la causa del archiduque Carlos de Austria frente a los Borbones franceses, siendo incendiada por estos para su toma.

Serían de nuevo las tropas francesas, esta vez las de Napoleón, las que sitiaron, saquearon e incendiaron la población durante la Guerra de la Independencia por ser plaza fuerte y refugio de los guerrilleros que acechaban a las tropas napoleónicas desde los Puertos de Beceite.

De todos modos, su papel más importante como lugar estratégico, lo desarrolló durante las Guerras Carlistas. Decantado el municipio por la causa liberal de Isabel II, Beceite era lugar indispensable para el control de los Puertos y de las principales plazas dominadas por los carlistas. Por lo que el general Cabrera ordenó tomarlo y reconstruir sus fuertes para su mejor defensa.

La industria papelera está presente en Beceite desde el siglo XV, y encontró su máximo esplendor a finales del siglo XVIII hasta bien entrado el siglo XX. La localidad fue uno de los principales productores de papel de España. En Beceite se producía papel, entre otros, para la Real Casa de la Moneda, para la Real Fábrica de Tapices, en los que pintó Francisco de Goya algunas de sus creaciones, o para la fábrica de naipes Heraclio Fournier, con el que fabricó sus primeras barajas. En la localidad llegaron a funcionar hasta nueve fábricas de papel. Esto, junto con las minas de carbón y arcillas y los martinetes, convirtieron a la localidad en el motor industrial de la zona. Por ello, no podía quedar al margen de los movimientos sociales del primer tercio del siglo XX, convirtiendo a la localidad en una de las primeras colectividades durante los años 30 y de la zona republicana durante la Guerra Civil.